[1] Você está falando da consciência, correto? Então temos um estado da matéria que não é previsto pela física? Não poderia ser: não sabemos direito como aplicar a física neste estado?
Não sei se "estado da matéria" imprevisto é um bom modo de colocar. Acho que você está lendo especificidade demais onde eu não intencionava ter sugerido. Eu simplesmente não sei o que são essas coisas que, supondo que tudo seja físico, são necessariamente físicas; não tenho qualquer "aposta" ou palpite bem definido. Apenas parece diferente de qualquer coisa física conhecida, uma vez que nem mesmo física parece, pelo que conhecemos de física. Seja lá qual for a melhor forma de enquadrar o problema.
Você disse
nenhum estado da matéria, que simplesmente não é previsto pela física, dessa forma, imprevisto. Mas eu entendi, você está exprimindo o seu encanto pela coisa.

Eu ainda aposto em algo simples, do tipo: replicação, representação e processamento (consciência) e atribuição (a vermelhidão). A melhor matáfora ainda continua sendo a do PC. O realismo percebido de quando fechamos os olhos, que é menor que aquele dos sonhos, seria só uma impressão, inclusive ilusória: quando penso, a projeção é exata, quando, na verdade, não é, mas eu acredito que seja. O cérebro tem mecanismos que potencializam o eu, o meu, talvez faça o mesmo com as percepções.
[2] Fundamental em que sentido: da realidade, no sentido de que a constitui, tipo a constituem a matéria e a energia? Ou simplesmente pois ela é indivisível? A primeira hipótese não tem paralelo em nada com o que se viu e se sabe e até se é permitido conjecturar, exceto esses uns aí que o Felipe adora.
Seria signficando simplesmente algo que emerge/ocorre "porque sim", que não se explica a partir de interações entre outras coisas. Um pouco como talvez seja a gravidade: massa "entorta" o espaço, e os corpos por sua vez percorrem o espaço de acordo. Não sei se há uma explicação mais profunda do que "é isso aí", de se medir as proporções em que isso ocorre. Talvez existam os grávitons, que devem ser uma explicação mais fundamental da coisa, embora em algum momento vá se chegar em algo que simplesmente é como é "porque sim", se chega ao fim da linha, seja por limites na capacidade de se estudar a coisa, ou limites realmente físicos. Em ambos os casos, creio que essas coisas ficam com o "status" de física fundamental.
O "porque sim" a meu ver faz parte da sua crença romântica.

Enfim, a consciência encontra-se num nível de análise muito acima do fundamental da física e eu desconheço evidências do contrário (sentido de: desconheço autores). Não só, pois não vejo o cérebro com capacidadde de manipular tão a fundo a realidade. Pode ser, sim, mas a ideia me soa exagero.
Da parte em negrito: ausência de evidência não é evidência de ausência. Ou é?
Mas hein? Obviamente não é. Mas nem por isso se escolhe arbitrariamente que deve mais provavelmente ser um nível de explicação ou outro. Fica em aberto. E a impressão que tenho (só impressão, não vale lá qualquer coisa) é que os níveis fundamentais é que seriam mais prováveis aqui, devido à estranheza da coisa -- não é como sugerir que câncer, caspa ou gagueira fosse algo da física fundamental. Estamos falando de algo que nem sequer parece ser físico/existir, apesar de ser ironicamente tudo que diretamente observamos.
Pois é, o conflito de impressões! Eu já não vejo motivo por que cavulcar tão fundo.'
[3] O quale? O inefável é... Como o sistema produz a nossa realidade virtual interna, não?
O sistema que produz é o cérebro, que é algo "trivial", perfeitamente descritível. O que ele produz, no entanto, só se "descreve" a partir de correlações com o mundo "lá fora" e com a expectativa de que as outras pessoas, tendo cérebros "iguais", também tenham experiências aproximdamente iguais (o que poderia não ser o caso, sem no entanto validar a conclusão de que qualia não seriam físicos).
Explicações são correlações e referências. Qual a novidade?
Qual seria a "atitude" mais correta?
Eu acho que não se pode viajar demais em especulações, chega numa hora em que está só se criando ficçao científica, mas não acho que é o caso em simplesmente se admitir que pode haver algo fundamental faltando no nosso conhecimento da física, para explicar isso. Pode de qualquer forma, ser desconhecimento só no nível de neurologia, citologia, química, ou o que for, e a física já bastar. Mas não passa muito a impressão de ser um fenômeno de qualquer dessas áreas conhecidas, não é como se tivesse evidentemente qualquer coisa já "meio parecida" com qualia nelas, que pudesse ser sua "constituição".
Eu duvido que tenha algo ainda desconhecido da física que vá elucidar algo aqui. [observação leviana]O que me deixa mais curioso nessa sua passagem é a diferença de impressões sobre a consciência que eu tenho com essa que você aparenta ter. Toda vez que leio algo da sua parte fico com a impressão de ler uma obra romântica, de um encanto e uma maravilha que, parece, só poderão saciar-se ante extraordinária explicação. E o pior que isso torna duro entender as suas explicações sobre o assunto [/observação leviana].
Poxa, que chato. Não acho que minha visão é bem "romântica", e nem pretendia florear as coisas nem nada. Na verdade descreveria minha posição até como bastante "fria". Não menciono muito, mas acho que essa é uma questão, como diversas outras, que possivelmente nunca se venha a saber a resposta. Não porque "o universo é cheio de mistérios e mais fantástico e maravilhoso do que qualquer um pode vislumbrar e lalalá", mas só porque somos uns macacos pelados, razoavelmente espertos, mas apenas com meios limitados para investigar e compreender a realidade. Nunca vamos ter uma "teoria de tudo" que explicará toda e cada coisa do universo, com trilha sonora de Vangelis.
[/quote]
Teoria de tudo talvez seja uma coisa impossível dada a diversidade de sistemas e perspectivas para explicá-los. Não acho que o cérebro entre nessa. Enfim...
O segundo sentido do fundamental... Então existe registro do quale ocorrendo noutro local que não o cérebro, ao nível fundamental da física quântica? Ainda tenho dúvidas se entendi bem esse fundamental. 
Seria algo como se, só pudéssemos eventualmente dizer que, quando uns dados tipos de moléculas no cérebro interagem numa rede complexa com uma dada estrutura, o cérebro experimentará essas sensações "fantasmagóricas", que não se detecta senão por correlação consistente entre de relatos desses cérebros e sua fisiologia/padrões de ativação.
Opa!
Sobre a idéia de poder ocorrer "algo assim" (que é um tremendo exagero) em outras coisas além de cérebro, seria talvez mais ou menos da mesma forma que se pode dizer que outros corpos, que não planetas ou estrelas, "têm gravidade". Só que chega a ser desprezível, nada vai "cair" em você. Ou mesmo "eletricidade", elétrons constituem "tudo" que existe por aí, é o compartilhamento deles que faz as coisas serem "sólidas", e de vez em quando alguns "escapam", mas são raras as circunstâncias em que você vai poder sentir um choque.
A comparação não cabe, afinal são coisas completamente distintas.
Supor que algo assim fosse se dar em algum nível com qualia pode parecer esquisito, mas é mais ou menos razoável, é "anti" antropocentrista, está apenas seguindo a suposição de que é algo físico, e não uma coisa "especial" do ser humano.
Indo na linha do John Sears, algo assim talvez fosse até uma necessidade para que eventualmente evoluissem organismos que usassem esse aspecto da física para ter as capacidades cognitivas que têm. Mas pode ser que o fenômeno só começasse a aparecer mesmo num nível muito mais próximo, como em células ou já em células especificamente nervosas, por qualquer particularidade que tenham, como velocidade das interações moleculares, bem como propriedades das moléculas em si. Em vez de algo mais generalzado, pan-psiquista. Acho que meio ironicamente também se aproxima de paradigmas alternativos, como o de Noë, Maturana, etc, "enativismo".
Que diferença faz se é antropocentrista, Buck? Isso não explica, não se faz entender e muito menos elucida o que for seja.