Eu não acho que as coisas sejam iguais, mas penso que o cristianismo teria o potencial de trocar de lugar com o islamismo, no decorrer da história. Mesmo hoje houve alguma celebração por cristãos daquela chacina gay por um muçulmano, e já até ouvi no rádio algo que não era ainda declarar "devemos apedrejar adúlteras", com todas as letras, mas o esclarecimento de que Jesus não estava simplesmente "dando uma lição de moral" no "atire a primeira pedra", como é a versão politicamente correta mainstream, mas dando uma lição como "jurista", demonstrando (acho que aos judeus que o avaliavam) saber que, naquela situação especificamente, não deveria haver apedrejamento.
Também já vi comentários de cristãos chamando o Dawkins de covarde por atacar mais o cristianismo do que o islamismo. Um pouco como se os cristãos aproveitassem o islã para fazer o papel de "policial mau".
Não que tal "virada" ou apenas agravamento do cristianismo tenha altas chances de ocorrer. Não acho que a tendência ao humanismo seja algo imparável, mas acho mais provável que continue sendo essa a tendência geral.
Já com o islamismo, é dificílimo ter o mesmo otimismo. A impressão que passa é mais justamente o contrário. Quaisquer que sejam os fatores políticos que se mesclem ao problema, que sejam até as eventuais causas últimas de tudo, a religião parece ser um agravante tremendo, que torna a coisa incomparavelmente pior do que a mesma situação política num cenário "laico", sem a divisão religiosa, ou mesmo mesclado a uma narrativa cristã.