A forma como o espírito escolhe sua aparência está dentro de um padrão genético definido pelos pais, ou seja, a aparência daquele que vai escolher encarnar numa família não poderia ser diferente do padrão genético dos pais. A aparência obedeceria um padrão, o que é lógico.
No caso dos animais, estes não escolhem suas aparências, pois suas almas não estão desenvolvidas o suficiente para escolherem nada, não tem capacidade de escolha consciente. Não, a ciência não errou o sequenciamento genético. Você é que está achando que o espírito pode escolher uma aparência que em nada tem a ver com um padrão genético, e isso não seria possível.
O que pode acontecer (no ser humano) é que cada espermatozóide e óvulo teria uma variação genética ligeiramente diferente, e é nesta variação que estariam os diferentes fenótipos (aparências). Antes da fecundação (de acordo com espíritas), o que ocorre é que um espermatozóide, com as características fenotípicas que estão mais de acordo com aquele espírito que vai encarnar ganha como que uma adição de energia, fica mais vitalizado que o resto. Ou seja, a escolha da aparência teria a ver com a vitalização do espermatozóide. Os cientistas podem até mesmo fazer isso, escolher os gametas que tem as melhores características genéticas para uma criança nascer num futuro próximo. No caso do espírito, a mesma coisa, só que de forma natural, e não por métodos artificiais.
Um pai feio seria feio no sentido de ter uma aparência pouco atraente para uma determinada população local em que este encarnaria, e não feio por definição, pois a noção de belo e feio varia conforme uma cultura.