Não consigo imaginar o Dr. Manhattan ganhando, sem ser por um ataque surpresa, desse cara aqui:

Já alguém como o Goku tem o problema de ter técnicas muito simples (pura força bruta). Alguém com poder mais criativo (um mágico que anule seus poderes por exemplo) o venceria sem dificuldades.
Eu já acho que simplesmente a comparação não tem muito sentido. São dois universos completamente diferentes. Claro, o Dr. Azulzão pode explodir pessoas
normais em seu universo, mas quem disse que isso funcionaria com o Goku? Tipo, é muito simples, e até lógico, imaginar que o Ki interferiria de alguma maneira, não deixando o Goku (nem ninguém com uma boa quantidade de Ki) simplesmente ser explodido.
Outra coisa: eu li, em algum site, que o Dr. Azul, em caso de um ataque nuclear da URSS com todo o seu arsenal, seria capaz de destruir 70% dos mísseis, e que também tem poder suficiente para "destruir uma grande parte da URSS". Vocês tão de brincadeira, né? Pessoal que acompanhou DBZ tem noção da velocidade do Goku e cia, tornando o fato de destruir um número X de mísseis uma brincadeira de criança. E não preciso comentar sobre o "destruir uma grande parte da URSS", preciso?
Enfim, não acho que seja tão simples essa comparação, não.