É uma questão difícil de responder na verdade.
Em um país com instituições mais sólidas, a esquerda armada poderia ser facilmente combatida pela polícia ou, em último caso, pelo exército, sem necessidade de nenhuma medida anti-democrática ou violação dos direitos individuais. Quando muito, poderia haver um estado de sítio temporário.
O problema só se torna complexo se levarmos em conta os seguintes fatores: os comunistas tinham uma significativa influência nos meios governamentais e mesmo militares, na época de Jango, e praticamente dominavam a inteligentzia acadêmica nas áreas de humanas. Essa penetração e influência na máquina governamental e entre muitos "formadores de opinião" poderia brecar o combate às subversões (armadas ou não) por ações regulares da justiça e polícia.
É bom lembrar que era a década de 60, ou seja, para MUITA gente o comunismo ainda era considerado uma opção viável e decente de regime.
No lado anti-comunista, a desconfiança ou mesmo aversão à democracia também era moda, um resquício da cultura elitista ibérica e colonial.
Essa polarização extrema nos setores politicamente influentes da sociedade brasileira deixava as fileiras da democracia e legalidade frágeis e desguarnecidas. Era só questão de tempo para algum dos 2 lados anti-democráticos colocar as asinhas de fora.
Hoje, com todo mundo sabendo que não há melhor caminho do que a democracia e que o comunismo não presta, seria muito mais fácil combater subversões. Na verdade, as subversões hoje sequer ganhariam força para aparecerem.