1 - Em que as alegações da Conscienciologia (pelo que foi dito até agora neste tópico) diferem das alegações da Homeopatia, por exemplo? Ambas alegam ser verdadeiras, ambas se escoram em uma ciência diferente para defender suas alegações, ambas não explicam direito porque o Método Científico tradicional não funciona para elas.
Não conheço sobre a homeopatia, mas a consciênciologia tem a preocupação de usar o método científico tradicional também, mas dentro de seu paradigma, o que é justificado pela teoria dos programas de pesquisa científica.
2 - Qual seria, segundo Lakatos ou quem quer que seja, o procedimento mais correto para estudar a Conscienciologia (ou a Homeopatia, por tabela)? Por que esse novo protocolo daria mais certo que o Método Científico tradicional? Por que o Método Científico não funcionaria?
O método científico é utilizado sim (consciênciologia), o que muda são as bases teóricas desse programa de pesquisa. Aquilo que Thomas Kuhn chama de revolução científica através dos paradigmas (base teórica), Lakatos desenvolve essa idéia através da metodologia dos programas de pesquisa científica, onde o sucesso de um programa é que diz se este é válido ou não.
3 - Por que ou como as convenções sociais do Método Científico tradicional interfeririam qualquer fenômeno natural? Um corpo não cai da mesma forma num na Coréia do Norte, no Brasil, em Cuba, na Venezuela, no deserto australiano e nos Estados Unidos?
Essa é outra questão importante. Não existem convenções sociais do método científico, existem metodologias de programas de pesquisas, um conjunto de universidades e institutos que defendem a mesma base teórica e controem seus modelos com base nisso. Essa é a chamada comunidade científica, que é uma entidade abstrata, teórica na teoria da Popper. Lakatos a define melhor fazendo essa distinção através do conceito de metodologia de programas.
A "briga" entre os programas de pesquisas não ficam com as realidades óbvias, como a de um corpo cair, mas sim com as questões não respondidas adequadamente (?) em outras áreas, como a de fenômenos parapsíquicos. Essa é a diferença da consciênciologia, ela tem um explicação que está ganhando espaço socialmente, através do método científico, mesmo que não seja compreendida por muitos, assim como a física não é. Mas cada uma estuda a princípio um objeto específico, que no caso da conscienciologia é a consciência.