Vamos a um exemplo prático: Suponhamos que a nossa espécie fosse composta apenas de origem asiática e com o ciclo das mutações esta espécie se dividiu em duas: Brasileiros e Africanos.
Teríamos agora um acestral comum(Asiáticos) e outras duas raças que se originou da primeira(Brasileiros e africanos).
Sabemos hoje que se as três raças cruzarem entre sí deixarão descendentes fértes, pois ´são 3 raças de uma mesma espécie.
Se voltarmos ao nosso ancestral comum na qual dividiu os macacos para um lado e o homo sapiens para outro teríamos também duas linhagem diferentes que se originou de um mesmo ancestral. Aplicando esta analogia nota-se que o homo-sapiens não pode cruzar com o chipanzé por exemplo.
Pergunto:Se todos somos parentes-Irmãos de um mesmo ancestral porque não puderam continuar a fertilização entre sí?
Se me responderem que foi um processo de mutação genética, então que tipo exemplo prático seria esta mutação?
Em primeiro lugar, que eu saiba, não se sabe com certeza se realmente é
totalmente impossível ocorrerem híbridos entre humano e chimpanzés, ainda que isso seja comumente assumido.
Mas esse ponto nem é tão importante, uma vez que não quero com isso dizer que não há espécies incapazes de gerar híbridos com outras, pois há.
Essa impossibilidade de híbridos se dá de forma gradual, com o acúmulo de diferenças que tornam uma população "incompatível" com a outra de uma forma ou outra. Desde uma população não achar os membros da outra sexualmente atraentes, até dificuldades mecânicas (diferença de tamanho entre machos e fêmeas das diferentes populações, por exemplo) e fisiológicas, diferenças no desenvolvimento ocorridas entre as duas populações que, mais ou menos gradualmente, impedem que a mistura das duas populações funcione direito. Desde o animal "adulto" ou já depois de nascido pode ter uma mistura de adaptações diferentes que não dão muito certo, levando muito comumente à morte, ou pode até acontecerem problemas desde antes de nascer devido a essas diferenças.
Uma comparação. Invenções humanas, apesar de não se reproduzirem biologicamente, não terem filhos, também tem "linhagens". As pessoas inventam as coisas, criam modelos e novos modelos, e eventualmente vão modificando tando uma coisa, algumas vezes misturando com diferentes coisas, até que uma linhagem se mistura com outra. Então, por exemplo, dentro dos automóveis, você acaba tendo as possibilidades de "mistura", de trocar peças, dentro de uma mesma "linhagem"; as trocas de peças são possíveis de forma perfeita dentro da mesma linha, depois vão se tornando mais difíceis de acordo com diferentes modelos, precisando de mecânicos/funileiros especialistas para fazerem adaptações mais "frankensteinianas". Mas depois de alguma "distância" entre as "linhagens", fica praticamente impossível uma mistura "meio a meio" de duas coisas, como um "híbrido" entre motos e caminhões.
Coisas parecidas também acontecem nos programas de computadores, ou mesmo com as peças. Vão ocorrendo modificações nas "linhagens", cada uma usando recursos diferentes, "linhas de código" ou "genes" diferentes, e eventualmente acaba ocorrendo incompatibilidade (podendo ser meio gradual até), até mesmo se a aparência dos programas ou dos computadores for praticamente igual em alguns casos.
Voltando ao mundo biológico, um exemplo que poderia ser dado é o da fusão dos cromossomos ocorrida na linhagem os humanos, mas não na dos chimpanzés. Uma ilustração:

Um (ou dois) dos cromossomos de Humanos, Chimpanzés, Gorilas e Orangutangos; fundidos nos humanos, mas separados nas outras espécies.
Esse é um tipo de mutação que não tem necessarimente nenhuma função adaptativa, mas pode mesmo assim ocorrer e se espalhar numa população, seja por "sorte" ou por estar associada a alguma vantagem adaptativa. Digamos que hoje, num lugar qualquer, haja alguma pessoa com uma mutação similar, uma fusão de cromossomos, que, como no caso dessa aí, "deu certo", não causou nenhum defeito. Essa pessoa terá mais dificuldade em ter filhos do que uma pessoa normal, mas não será impossível; alguns de seus gametas, e conseqüentemente, embriões provenientes, teriam material genético sobrendo ou faltando, mas uma parte deles teria todo o conteúdo, apenas "organizado" de uma outra forma. Se isso ocorresse numa ilha ou num lugar meio isolado (como todo lugar é em algum grau, por pura distância de todos outros lugares possíveis), seria possível que eventualmente todas as pessoas desse lugar fossem descendentes de alguém com uma fusão dessas (meio da mesma forma que todos os japoneses são descendendes de alguém com genes para olhos puxados), e as pessoas desse local teriam maior facilidade em terem filhos entre si, do que com todas as outras pessoas do mundo.
Mas esse é só um exemplo. Podem haver coisas mais relacionadas a construção do organismo do que ao "empacotamento" da informação genética. Por exemplo, chihuahuas tem genes que determinam animais pequenos, enquanto São Bernardos tem genes que determinam animais grandes. O resultado de um cruzamento não seria necessariamente um animal médio, mas poderiam haver problemas mais graves - mais ou menos como problemas em se misturar uma moto com um caminhão. Leões e tigres, apesar de serem espécies diferentes, tem problemas desse tipo em seus híbridos. Os filhotes de tigres com leoas são fracos e vivem pouco (quando nascem, o que não é comum), porque os gametas das leoas tem genes para o desenvolvimento "desativados", mas os tigres não tem uma compensação nos seus gametas, enquanto os leões tem.