Você realmente acha que essa é uma questão em aberto?
Tudo isto porque defendo na maioria uma evolução separada para cada tipo de espécie.
Pense novamente nas raças de cães. Compare as diferenças entre raças de cães, com as diferenças entre espécies ou grupos próximos. Por exemplo:

Crânio de chiuaua

Crânio de Shar pei

Crânio de buldogue

Crânio de pastor alemão

Crânio de lobo, ancestral comum de todos os anteriores
Agora compare, por exemplo, o crânio do shar pei, e o do lobo com esses a seguir:


O primeiro grupo de crânios, dentro de uma espécie, parece ter mais diferença entre si do que se comparados a esses outros dois, que nem são tão diferentes, ainda mais se comparados com os crânios de lobo e de shar pei. No entanto, o primeiro do segundo grupo crânio é de urso preto, que é uma espécie separada, um tanto distante, e o segundo é de raposa, outra espécie também aparentada. São essencialmente os mesmos tipos de diferenças que ocorrem entre raças de cães que fizeram os lobos, ursos, raposas, doninhas, etc.
Agora, veja só uma comparação entre os crânios de diversas espécies aparentas com humanos:

Há uma transição até mais gradual do que a existente entre as raças de cães.
Se pensamos em espécies muito distantes, como patos e gatos, as suas diferenças podem ofuscar as similaridades, mas se vamos traçando as suas genealogias, indo gradualmente, de parente em parente, percebemos que tem ancestrais comuns. Com animais é mais fácil de ver, mas o mesmo acaba se extendendo a toda a vida terrestre.
Talvez alguns ou a maioria não concordem, mas não consigo entender como a evolução é defendida por Darwin.
Fazer teste em bactéria não seria o mesmo que fazer teste em seres vivos mais complexos.
Darwin não sustentou a teoria da evolução com testes em bactérias.
A complexidade de milhões de anos seria insuficiente para que milhões de espécies habitassem a terra.
Você está apenas afirmando isso, mas não há realmente evidências que indiquem que é tempo insuficiente. Há criacionistas mesmo que argumentam o contrário, que a evolução é tão rápida, que deveriam haver muito mais espécies do que de fato existem, e com base nisso argumentam que a Terra é jovem e que todas as espécies vivas hoje são sobreviventes evoluídos do dilúvio global.
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Há quem defenda que a vida veio de outro lugar através de um cometa.
Isso é para a origem da vida na Terra, não das espécies. Não se sabe exatamente como a vida surgiu, pode ser até que tenha mesmo surgido em outro lugar e vindo parar aqui, mas isso não tem implicação na identificação e confirmação, em diversas linhas de evidências independentes, dos parentescos entre todos os seres vivos terrestres conhecidos.