Oie, Erivelton.
1- Na dupla fita de DNA os únicos elementos químicos que mudam são as bases nitrogenadas. É justamente essa seqüência de bases que pode variar entre genes, espécies, indivíduos, etc. Por exemplo, posso dizer: ATTCCGTGTGTGAAA, essa é uma seqüência nucleotídica. Mas as ligações sempre serão as mesmas: C-G, A-T.
2- Nem sempre os nucleotídeos estarão ordenados da mesma maneira, mesmo em espécies próximas ou indivíduos da mesma família. Depende muito do gene, e região gênica analisada. Um gene pode tolerar muitas ou poucas diferenças entre seqüências nucleotídicas, varia muito de acordo com sua função. Por exemplo, genes do sistema imune possuem muitas mutações, o que dificulta bastante os transplantes de órgãos. Já outras proteínas, como as que participam do empacotamento do DNA (as histonas), são bastante conservadas em vertebrados.
3- Um cromossomo pode apresentar centenas de genes, ou dezenas. Esse número é bastante variável. Da mesma forma, um gene pode possuir milhares, centenas ou até milhões de pares de base.
4- A priori, a replicação do DNA é um processo semiconservativo, onde uma das fitas tem sua informação copiada para formar fitas-filhas. Mas, durante a replicação pode haver falhas na adição de novos nucleotídeos. Uma enzima, chamada DNA-polimerase, comete esse erro. Ela pode trocar um T por um C (essas bases possuem estruturas químicas semelhantes), originando novas fitas com falhas, ou seja, mutações. Algumas vezes essas falhas são reparadas, mas nem sempre esse sistema de reparo é eficiente. Caso essa mutação seja num gene estrutural, como exemplo, uma histona, ela poderá ser letal para a célula mutante; mas se esse gene é tolerante a mudanças, e essa mutação garanta alguma vantagem à célula (como exemplo, maior capacidade de armazenar energia), essa mutação será conservada, e poderá ser passada para células reprodutivas, e consequentemente, aos descendentes do indivíduo portador da mutação.
5- As mudanças entre os órgãos estão sim nas proteínas, não no DNA. Se você extrai o DNA de uma célula dos músculos ou sangue, encontrará um DNA idêntico. Mas, se analisa as proteínas desses tecidos, verá que o sangue apresenta a proteína hemoglobina, e músculos possuem miosina. Isso será válido para todos os tecidos. Claro que existirão proteínas em comum, mas muitas são exclusivas do tecido especializado.
Espero que eu tenha sido clara! Até a próxima!:D