Eu uso a ciência para buscar um entendimento lógico se haveria possibilidades da origem das espécies surgir de uma evolução bruta sem ajuda inteligênte.
Conforme explicado anteriormente, a seleção natural tem praticamente o mesmo efeito da inteligência. Ela filtra as "idéias" que vem na forma de mutações. Com a diferença de que as "idéias" só precisam servir para aumentar as chances de reprodução e sobrevivência, de forma diferente do que se esperaria de uma inteligência real inventando os seres. Não há porque um mesmo inventor criar tanto um ser e os parasitas e predadores que tem como única função destruir a outra criação, por exemplo. A vida é repleta disso.
Se tomarmos por exemplo o Homo-sapiens como o ancestral comum a todas as espécies, jamais nos tornaríamos a milhões de anos daqui pra frente num dinossauro, elefante, girafa etc...
O Homo sapiens não é o ancestral comum de todas as espécies. O Homo sapiens só é ancestral do homo sapiens, por enquanto.
Não podemos saber o que o Homo sapiens irá se tornar em milhões de anos, mas em teoria, sim, da nossa a espécie poderiam se originar linhagens que se tornassem muitos diferentes. Poderia também ser um "beco sem saída", não originar mais nada, ou originar apenas espécies não tão diferentes, da mesma forma que os primatas todos não são tão diferentes uns dos outros.
Espécies que surgissem a partir da nossa, não seriam dinossauros, girafas, etc, da mesma forma que não se espera que você nasça de novo só porque os seus genes estão por aí pela população, espalhados em outros indivíduos.
Temos no caso 23 pares de cromossomos para fecundação humana e para evoluírmos para o cavalo teríamos que receber mais 41 cromossomos, 35 para o elefante, rato tem 40 cromossomas e galinha 78.
Como expliquei anteriormente, a espécie humana não poderia evoluir "no cavalo", etc. e mesmo que eventualmente evoluísse em um ser muito similar a um cavalo (o que não é impossível, mas não é esperado), não seria necessário que surgissem mais cromossomos no decorrer dessa evolução, ou que os que temos se dividissem em mais.
O número de cromossomos não tem nada diretamente a ver com o ser que os carrega. Teoricamente podem haver seres idênticos, mas com números diferentes de cromossomos. E seres muito diferentes, com o mesmo número de cromossomos.
Conforme já exemplifiquei anteriormente, cromossomos são meio como volumes de uma enciclopédia. Você pode ter uma enciclopédia que aborde temas de A a Z, cada volume abordando os verbetes de duas letras, ou seja, o volume 1 seria A-B, o volume 2 seria C-D, e assim por diante, ou poderia ter o mesmo conteúdo, a mesma enciclopédia, dividida de forma diferente. Por exemplo, com menos volumes no total, mas todos os verbetes de três letras em cada um.
Levando isso para o mundo biológico, representando os cromossomos entre essas chaves [], um ser pode ter os seguintes cromossomos:
[gene-gene-gene-gene-gene] [gene-gene-gene-gene-gene] [gene-gene-gene-gene-gene]E um indivíduo mutante poderia nascer como:
[gene-gene-gene-gene-gene][gene-gene-gene-gene-gene] [gene-gene-gene-gene-gene]Com dois cromossomos grudados, formando um só, reduzindo o número de cromossomos, sem perder conteúdo. Como aconteceu com os humanos.
Também poderiam existir mutantes com cromossomos divididos em dois ou até copiados a mais. Apesar desse tipo de coisa ser comumente relacionada a problemas diversos no desenvolvimento, não é algo que acontece sempre.
Algo parecido acontece com os genes. Algumas vezes uns são duplicados ou eliminados, em vez de apenas terem alterações menores. Isso não acontece só entre as espécies, mas dentro das próprias espécies, e é parte da variação normal, de indivíduos saudáveis.
Será que a ciência vai encontrar este ancestral comum ou a teoria poderá mudar 
Não é possível encontrar o ancestral comum de todas as espécies, porque ele não existe mais. Da mesma forma, não existem os ancestrais comuns entre cada raça de cão "irmã". Mas mesmo assim, é possível ainda se descobrir que os seres são aparentados, se descobrir a genealogia dos seres, da mesma forma que através de exames genéticos se pode saber que irmãos são irmãos mesmo sem ter os pais para comparar.