O problema do "acaso" e o motivo de alguma eventual ou aparente fuga é o termo poder ter significados distintos.
Um muito comum é que algo "acaso" não ocorreu "de propósito", e nesse sentido, sim, a origem da vida e todos fenômenos naturais se dão por puro acaso.
Outro significado de "acaso" é aleatoriedade, podendo ser definida como a independência que um resultado têm de variáveis, ou como uma uma considerável equiparação de inumeráveis variáveis como fatores determinantes de um resultado. E nesses significados, o acaso, embora ainda podendo estar constantemente presente na natureza dependendo daquilo que se analise, não pode ser dado como explicação para tudo (na verdade para quase nada, exceto, obviamente, resultados provenientes de situações que poderiam resultar em algo muito distinto apenas com pequenas diferenças nas condições iniciais). Em vez disso se busca leis e mecanismos, as variáveis determinantes que influenciam um resultado específico. E nesse sentido, a origem da vida não se deu "por acaso", ou ao menos não por "puro acaso". É "acaso" mais como que pode ser que amanhã chova ou não chova, mas certamente não choverá para cima. Há toda uma série de fatores que restringem, padronizam o fenômeno "chuva" (inclusive naquilo além dela se dar para baixo, mesmo naquilo que nos parece ou pode comumente ser tratado como "acaso", e é isso que meteorologistas buscam entender quando estudam o tempo, não se limitam a dizer que se dá "por acaso").