Apesar de poder se fazer essa separação entre dois "tipos" de livre-arbítrio, continua sendo verdade esse determinismo desde o big-bang. Isso de qualquer forma não "anula" o "outro livre arbítrio" de forma que um cara pudesse dizer no tribunal, "eu matei todas aquelas pessoas porque estava assim determinado desde o big-bang, não foi culpa minha".
E não sabermos exatamente como o cérebro funciona não tem maior relevância do que pessoas individuais não saberem como o computador funciona, não faz com que o PC tenha livre-arbítrio (computador, sistema nervoso das moscas, clima, tectônica de placas, etc). Não tem nenhum tipo de "possibilidade lógica" que pudesse dar um arbítrio que seja algo além de fisicamente determinado, quaisquer que sejam seus mecanismos -- continua sendo mecânico. A menos que se supusesse existir toda uma série de fenômenos além do "mundo físico", possibilitando uma alma ou arbítrio primordial não produzido pelos mecanismos do cérebro.
O livre-arbítrio que "existe" não é livre "do big bang", da física. É apenas um sistema que envolve mais variáveis (físicas) do que em cérebros de outras espécies, estas sendo mais "diretamente controladas" por variáveis ambientais, em função disso.